督察內審司是國家稅務總局主管稅收執法監督檢查、內部財務審計和領導干部經濟責任審計的職能部門。主要職責是：擬訂全國稅務系統內部控制和督察審計工作制度；負責稅務系統內部控制工作的組織和管理；組織、指導實施稅收執法督察、內部財務審計和領導干部經濟責任審計，督促檢查稅務系統貫徹落實上級重大決策部署情況；組織實施稅務系統稅收執法責任制工作；對稅務總局特派辦督察審計工作進行組織、協調、管理；對稅務總局駐各地特派辦、各省稅務局實施的督察審計工作進行質量檢查；協調配合外部監督，統籌協調內部監督檢查工作；參與實施“一案雙查”工作；辦理稅務總局領導交辦的其他事項。

內設處室：

綜合處、計劃和制度處、內控管理處、執法督察處、審計監督處、質效管理處、聯絡協作處。